Hay dos clases de misiones:
las obligatorias, que el juego no te da opción de rechazar y por lo tanto tienes que cumplir para que aparezca la siguiente,
y las secundarias.
Las misiones secundarias son las que el juego te permite rechazar. Adoptan una forma rotativa en cada nivel del juego en el que te encuentres y puedes rechazarlas tantas veces como desees, jugando con ellas para encontrar la que más te beneficie en un momento dado. Como te decía, éstas misiones cambian según en qué punto del juego te halles, por lo que al superar un determinado hito, dejan de aparecer unas y comienzan a aparecer otras diferentes, pero en ningún caso supone ningún inconveniente rechazarlas.
En el juego siempre vas a tener las dos clases de misiones activas, una obligatoria y otra correspondiente a las rechazables.
Puedes encontrar más información sobre las misiones en éstos hilos, donde ya se plantearon preguntas sobre ellas: