Saludos,
No, no es posible cambiar las fábricas a las que el jugador desee. Las fábricas bonificadas las asigna el sistema del juego por la posición libre que hay en el mapa a la hora de crear la ciudad.
Si no avanzas en el juego y no entras en la ciudad, el propio sistema te elimina la ciudad de ese mundo pasado un tiempo. Y puedes volver a crearla de nuevo y con un poco de suerte que te asignen otras fábricas bonificadas.